解放后，为加强党对高等学校的领导，中共安徽省委组建中共安徽大学委员会，其农学院成立党的总支委员会。

1954年安徽大学农学院独立为安徽农学院后，加强了对广大师生关于党在过渡时期总路线和《中华人民共和国宪法》等政治学习，社会主义政治觉悟普遍提高，他们更进一步认识到党的光荣、伟大和正确，要求加入党的情绪更加高涨，尤其是青年教师和学生。在此基础上，党的组织逐渐地发展和壮大，至1956年，已有党员85人，支部5个。

为广泛听取全体党员普遍讨论党委工作，1956年6月8日，安徽农学院召开第一次全体党员大会。干仲儒同志向大会作了2年来党的工作的总结报告。报告首先肯定了几年来党在学校工作的成绩，提出了工作中存在的缺点和问题及今后工作方向。对于工作中存在的缺点和问题，会议认为主要原因是党委机构不健全，委员会没建立起来。

鉴于党委机构不健全，党的工作无法正常开展的难题，1956年8月18日，中共安徽省委批示：安徽农学院成立院党委会，并批准陈硕峰代理党委书记兼副院长，干仲儒、张佐文为党委委员，杨权任组织部长，张佐文任宣传部长，慈惟纪任统战部长，杨启瑞任办公室主任兼宣传部副部长。党委会成立后，逐渐加强对各项工作的领导。党委会、党委扩大会、党员大会、工代会、团代会等先后召开。

然安徽农学院党委刚成立十年，“文革”爆发，省委派工作组进驻我院，代替党委领导学校“文革”运动和党的工作，至此安徽农学院党委陷于瘫痪，党团组织停止活动。

1968年11月，安徽农学院下迁到农村办学。总院设于宿县紫芦湖，另有滁县、凤阳两个分院。

经过下迁之后的整党建党工作，安徽农学院的基层党组织全部恢复，已经具备中央关于建立地方各级党委的5个条件。1970年12月26日，在毛泽东同志诞辰这个具有纪念意义的日子，安徽农学院在宿县紫芦湖总院召开第一次党员代表大会，选举了由军代表、工宣队、工人、干部、教师、学生等身份构成的新的中国共产党安徽农学院委员会，计23人。之后，滁县分院召开党员大会，选举产生分院党委。凤阳分院成立党的核心小组。由于首次党代会及其产生的委员会的指导思想是极左路线，不可能代表全院党员和师生员工的意志。此时，学校由工军宣队领导，院系两级的党组织等同虚设，同时广大教师和各级领导干部受到打压，教学秩序遭到严重破坏，学校几近崩溃。

粉碎“四人帮”后，学校加强了党的领导，整顿了各种组织，恢复和重建了教研室，及时恢复老师职称，促进教学、科研和各项工作的开展。

经过“文革”十年浩劫，安徽农学院党委领导班子很不健全，自首届党代会以来，党委成员变动很大，班子不够年轻化和专业化，需要发扬民主，重新选举。为总结历史经验教训，进一步分清路线是非，适应“四化”建设制定办学短期规划和长远目标及选举新一届委员会。1980年8月23日，安徽农学院迁回合肥复校后举行第二次党代会，114名党代表欢聚一堂，讨论制定学校发展规划的五年设想和最近两年的工作任务。这次大会确定了坚持和改善党的领导，实行党委领导下的院长分工负责制，坚持以教学为中心，加强科学研究，以培养“四化”所需人才为根本任务。大会还选举产生了新的党委（11人组成），杨枫任书记，张佐文、杨启瑞为副书记。并于11月20日建立由8人组成的党的纪律检查委员会。

从1956年8月至1980年8月，经历了文革、下迁、粉碎“四人帮”、回迁等历史事件，安徽农学院党委几经波折，人员不断变化，工作重点不断转移，党的领导作用不突显。直到第二次党代会召开，选举产生了新党委后，确定了坚持和改善党的领导，党的领导核心作用进一步得到加强，安农的各项工作逐步进入正轨并取得丰硕成果。