1929年2月1日，安徽省政府召开第77次委员会会议，决议通过《安徽省立大学组织大纲》（以下简称《组织大纲》）。《组织大纲》规定：安徽大学由文学、理学、农学等七院组成，各院设若干系；实行学分制，视各学院课程之性质，分别确定学分；学生的毕业年限，以四年至六年为度；大学校长由安徽省政府聘任，大学秘书长、各院院长及预科学长，由校长聘任；各学院教授、副教授、讲师、助教等均由院长建议，校长任命，依据大学教员条例聘之，并呈报省政府备案。

《组织大纲》还规定：安徽大学设行政会议和教授会议。行政会议由校长、秘书长、各学院院长、预科学长、教授会代表两人、省政府代表一人、教育厅代表一人组成。主要职责：确定教育方针，管理全校风纪，决定各学院、系科之增设及变更，考查学生成绩，审查教员资格，通过学校预算，提交教授会之议案及其重大事项等共十项职能。教授会议以全体教授、副教授、讲师组织之，其权限如下：选举出席行政会议之代表，提交议案供行政会议讨论，讨论行政会议交议事项，讨论教学上之重要事项。此外，安徽大学下设训育委员会、卫生委员会、体育委员会、演讲委员会、出版委员会、招生委员会等六个永久性委员会，必要时，可以设立临时委员会。《安徽省立大学组织大纲》的通过，标志着安徽大学的治理制度体系初步确立。

1929年7月30日，安徽省政府聘请王星拱出任安徽省立大学校长。王星拱到任后，参照北京大学和武汉大学的管理模式，组织力量修订《安徽省立大学组织大纲》。提出了安徽省立大学的办学方针和办学目标。同时，完善各项规章制度，改革学校管理体制。设教务处、总务处、秘书处和图书馆，分设教务长、总务长、秘书主任和图书馆馆长。制定《校务会议规程》，校务会议取代原有的大学行政会议，成为学校管理决策的核心。校务会议内设8个管理委员会，即聘任委员会、考试委员会、奖学金委员会、图书仪器委员会、审计委员会、体育卫生委员会、群育委员会、演讲出版委员会。在学制方面，鉴于安徽省立大学师资不足，难以真正实行学分制。王星拱校长主持制定《安徽大学学则》，实行学年兼学分制。

1930年6月，安徽省政府任命杨亮功为安徽省立大学校长。杨亮功到任后，按照教育部要求，将安徽省立大学易名为“安徽省立安徽大学”，并修订学校组织大纲。

1932年3月26日，安徽省政府主席陈调元聘请程演生为安徽大学校长。程演生校长到任后，积极推动学术研究，成立“安徽大学编译委员会”，“以为本校介绍学术之总机关”。同时，为了解决安徽大学办学与建设经费问题，程演生多方奔走，促成安徽省立安徽大学董事会。1932年6月，经安徽省政府第266次委员常会决定：聘请许世英、王揖唐、李国杰、柏文蔚、周学熙、程源铨、方振武、方时简、张眙惠、洪镕、杨武之、高一涵、王星拱、程振基、孙洪芬等15人组成安徽大学董事会。

1935年7月，经安徽省主席刘镇华推荐，李顺卿出任省立安徽大学校长。1935年秋，在李顺卿的倡导下，安徽大学开始实行导师制。1935年11月1日，《导师制施行办法》正式颁布。

1937年7月，日军大举侵华，局势维艰。11月，安徽大学被迫停课。1939年夏，具有11年办学历史的省立安徽大学宣告停办。

1945年8月，日本投降，抗战胜利。许世英、卫立煌、张治中等皖籍名人致信教育部，吁请恢复安徽大学，并改省立为国立。1946年1月，国民政府教育部决定恢复重建安徽大学，改省立为国立，校址在安庆。1946年11月11日，被定为国立安徽大学的复校日。

学校管理体制。国立安徽大学由国民政府教育部直辖，经费由教育部负责拨发，人事由教育部任免。

学校设校长1人，总辖全校校务。设教务、训导、总务3处，分别设教务长、训导长、总务长各1人。根据《国立安徽大学行政组织大纲》《本大学校务会议组织规则》规定：学校设有校务会议、教务会议、训导会议及总务会议。其中，校务会议由全体教授选举代表若干人、校长、教务长、训导长、总务长、各学院院长、各系主任组成，校长任主席，审议学校预算、学院、学系的设立等重大事项。

院系管理体制与学校一致。各学院设有院长，由校长聘请教授担任；各学科系设系主任，由所属学院的院长商请校长聘请该学科教授担任。院长综理全员院务，系主任综理全系系务。各学院设有院务会议，各系设有系务会议，分别研究和决定本院、本系学术、教学、管理等事务。

院系设置。1946年8月，国民政府教育部批准了国立安徽大学的院系设置与发展计划。设立文学院、理学院、法学院、农学院。

根据《国立安徽大学教员聘任规则》的规定，实行教员聘任制。根据《国立安徽大学学则》的规定，实行学分制。

1947年3月9日，国立安徽大学校友会召开成立大会，大会通过了《国立安徽大学校友会章程》。

1949年4月23日，安庆解放。国立安徽大学获得新生。1949年7月中旬，长江洪水泛滥，校园全部被淹。10月，中共中央华东局文教部令国立安徽大学迁至芜湖，与省立安徽学院合并组成新的安徽大学，校址设在芜湖赭山。12月4日，国立安徽大学正式启动搬迁工作，于12月5日与在芜湖的安徽学院合并，成立新的安徽大学，校名仍沿用“国立安徽大学。”国立安徽大学取消学院制，实行系科制，专业进行对口融合。这时，国立安徽大学农科设农艺、森林、园艺3系。1950年底，“国立安徽大学”变更为“安徽大学”。

1950年7月、1952年9月，经过2次院系调整，安徽大学由原文、理、农、工学科专业齐全的大学，整合成只有农林和师范类专业的大学。1952年8月25日，安徽省人民政府在合肥成立。不久，安徽省委决定将安徽大学从芜湖迁至省会合肥。10月17日，成立安徽大学建校委员会，由许杰、干仲儒、杨著诚、齐坚如、陈椽等15人组成。11月7日，合肥建校办事处正式开展工作。1953年7月24日，合肥校址主楼破土动工。1953年10月20日，中央人民政府教育部转发政务院的决议案：“安徽大学校名取消。其师范学院、农学院分别独立为安徽师范学院、安徽农学院。”从此，独立的安徽师范学院、安徽农学院这“一对孪生”开始“独立门户”。

1954年4月，根据省政府决定，安徽农学院迁往合肥。9月10日，学院正式公告在肥办公。从此，一所独立的安徽农学院，在江淮腹地、省会合肥开始谱写安徽高等农业教育新的历史篇章。

1954年注定是安农历史上不同寻常的一年。其一，这一年是安农独立建院的元年。1954年9月24日，安徽农学院院务委员会成立。1956年8月18日，经中共安徽省委批示同意安徽农学院成立院党委。至此，安徽农学院的发展有了组织保障。其二，1954年10月23日第二次院务委员会通过了《安徽农学院组织与分工暂行条例（草案）》（以下简称《条例》）。第一条明确该《条例》的目的是：保证培养全面发展的高级农林科学技术和管理人才任务的完成。第二条明确规定学校实行“院长负责制”，并对院长的职权作了明确的界定。第三条规定在院长领导下设院务委员会，系本院最高咨询性的机构，并对其人员组成作了明确规定。第四条规定在院长领导下设院行政会议，并对其人员组成作了明确规定。第六条至第十九条，明确规定了本院二级机构的构成及其职责；二级机构人员（如秘书长、教务长、总务长等）构成及其职责；二级机构的内设机构职责，以及人员构成。第二十条至第二十五条，对本院的教学行政的基层组织的构成、人员设置、职责等情况作了详细规定。《条例》从顶层设计上为安农的发展提供了制度保障。

1955年5月14日，推行4级计分制和口试制的新考试制度。10月1日，开始实行人民助学金制度。1956年3月23日，开始实行班主任制度。

1960年3月16日，根据中央、国务院指示以及中共安徽省委的批准，开始实行学校党委领导下的校务委员会负责制。至1960年9月，全院共设农学、林学、蚕桑、茶叶、牧医、森工、农机、园艺、农业物理学等9个系。

1961年11月28日，学校提出贯彻中央高教“六十条”的计划，主要工作是：建立健全党委领导下、以院长为首的院务委员会负责制的领导制度。把党的领导权集中到院党委一级来，系党总支对系行政工作由领导作用改变为保证监督作用；以教学为主，加强领导，稳定秩序，提高质量。

1963年9月5日，学校开始在学生中配备专制政治辅导员，以加强对学生的思想政治工作。

1968年11月25日，省革命委员会决定安农下迁滁县、凤阳农村办学，并要求学校15天内搬迁完毕。1968年12月6日下迁后，全员师生经过1969年4月、1969年6月29日、1970年2月和1972年3月多次探讨后，安农才先后确定办学体制，即学院设总院——位于宿县紫芦湖，下设滁县和凤阳两个分院。

1978年10月28日，省革委会印发了革秘〔1978〕77号文件《关于安徽农学院办学体制问题的批复》。批复的核心内容是：总院从宿县紫芦湖搬回合肥安农原校址办学；凤阳、滁县两分院所有专业仍在原处办学，不搬回合肥。

1978年12月6日，院党委向省委呈报《关于对省革委会<关于安徽农学院办学体制问题的批复>的意见报告》，《报告》对农学院集中办学的必要性作了多方面的论证，要求省委收回革委会批复，批准安农总院及两个分院原有各专业都集中合肥办学。1981年2月28日，党委书记杨枫宣布省长办公会决定：安徽农学院在滁县、凤阳两个分院的林、蚕、牧医3个系，全部搬回合肥。至此，学校实现了回迁合肥原址集中办学之梦。

1980年5月，学校决定在茶叶系80级新生中试行学分制。

1985年5月，党中央、国务院召开改革开放以来的第一次全国教育工作会议，颁布《中共中央关于教育体制改革的决定》。这次会议和《决定》为学校进行教育管理体制改革确立了根本指导思想——“教育必须为社会主义建设服务，社会主义建设必须依靠教育”。

1989年，中央决定公办高校实行党委领导下的校长负责制。1990年，中共中央颁发《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》，明确指出高等学校实行党委领导下的校长负责制。1996年，中共中央颁发《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》，以党的《条例》的形式明确高校实行党委领导下的校长负责制。1998年颁布的《中华人民共和国高等教育法》，以法律形式明确了这一领导体制。2016年中共中央、国务院颁发的《关于加强和改进新形势下高校思想政治工作的意见》进一步明确了这一领导体制。

1992年7月14日，学校成立综合改革试点领导组，拉开深化改革的序幕。1993年1月，省委高校工委、省教委批准安农综合改革的总体方案，并在安农进行综合改革的试点工作。适应社会主义市场经济发展需要并结合学校发展的具体实际，学校以教学改革为突破口，进行综合改革。1993年10月18日，《安徽农业大学关于修读辅修专业的意见》出台，拟开设经济管理、计算机、拖拉机汽车修理3个辅修专业。1994年上半年，安农的学分制试点工作取得预期的效果，为了扩大成果，推动教学改革，调动教与学两个方面的积极性，8月24日，学校决定从1994级新生开始全面试行学分制。

1994年4月22日，学校进行院系体制改革，对原有系科、专业进行整合，实行校院系体制。成立5个学院、17个系（所），构建了校、院、系3级管理体制和质量监控体系。

1998年4月29日，学校召开会议专题研究“三定”工作，校内管理体制改革拉开序幕。2000年是学校全面推行校内管理体制改革的一年，2000年4月12日，学校成立校内管理体制改革领导组。10月30日，《安徽农业大学校内管理体制改革总体方案》出台。在学校前几次改革的基础之上，从学校实际出发，以干部管理体制、人事管理体制、后勤管理体制、财务管理体制、校办产业管理体制改革为重点，引入竞争机制，遵循教育规律、经济规律和人事管理工作规律，全面深化校内管理体制改革，逐步建立与社会主义市场经济体制和社会发展要求相适应的校内管理体制和办学模式，努力创造有利于优秀人才脱颖而出和发挥才干的制度环境，建立高素质教师队伍和管理队伍，建立符合安农实际情况和需要的新型后勤保障体系，全面提高学校的办学效益和整体水平。

2003年4月设立大学生科技创新基金（SRF）。

2004年12月30日，根据学分制改革的要求，结合学校实际，学校成立学分制改革领导组。2005年1月21日，安农举行学分制改革报告会，校长李增智作了《关于学分制与课程小型化》的专题报告。2005年8月，《安徽农业大学学分制本科人才培养方案》《安徽农业大学实行学分制收费管理暂行办法》印发施行。2006年6月，安农开始修订本科学分制人才培养方案。

2004年7月26日，对学校的院系科、专业进行调整，经过成立、更名、撤销一系列改革后，成立16个学院、1个教学部，标志着学校由原来的校院系体制向校院体制转变。

2007年6月实施了“一村一名大学生”人才培养工程。

2009年第五次党代会提出，学校实施“体制机制创新工程”，探讨现代大学制度的有效途径和办法。

2012年12月，《安徽农业大学章程》制订完毕并开始在校园网上公开征求意见。《章程》确定，学校实行“党委领导、校长负责、教授治学、民主管理”的管理体制。《章程》的制订表明学校在构建现代大学制度上迈出了坚实的一步。

2012年，召开教学工作会，增进教育教学改革的共识，完善了人才培养的协同机制。完成70个本科专业人才培养方案以及辅修专业培养方案的修订工作。启动实施了4大人才计划——现代青年农场主培养计划、卓越农林人才培养计划、“双创型”人才培养计划、优秀本科生培养计划，大学生创新创业能力明显提高。

2013年1月实施“现代青年农场主培养计划”，建立了多元、开放、立体的人才培养体制。

2013年3月8日，《安徽农业大学本科生班级导师管理试行办法》实施。

2013年10月30日，召开2013年人事人才工作会议。会议确定了学校人事人才工作的思路与举措：实行人事人才工作校院两级管理体制，更加注重学院主体地位，激发办学活力；抓牢人才引进与培养，更加注重平台建设，实现“业聚其人”；坚持以人为本，更加注重环境优化，实现“人尽其才”；完善考核激励机制，更加注重质量导向，实现“才尽其用”。会议统一了思想、凝聚了共识，将有力推进学校人才强校战略，为建设特色鲜明的先进水平农业大学提供更加坚强有力的人才支撑。

2014年11月26日，《安徽农业大学党政领导干部兼任本科生辅导员、学业导师工作实施办法》实施。

2015年8月14日，《安徽农业大学校院两级管理试行办法》出台，全面部署深化学校校院两级管理改革工作。

2015年12月30日，《安徽农业大学章程》经安徽省高等学校章程核准委员会评议，安徽省教育厅常务会议审议通过核准。

2016年1月26日，《安徽农业大学本科交换生学分认定暂行办法》《安徽农业大学中外合作培养（联合培养）本科学生培养管理办法（暂行）》印发施行。

2016年4月14日，《安徽农业大学章程》印发实施。依据《章程》规定：中国共产党安徽农业大学委员会（简称学校党委）实行民主集中制，健全集体领导和个人分工负责相结合的制度。校长办公会议是学校行政议事决策机构。校长是学校的法定代表人，在学校党委领导下，贯彻党的教育方针，组织实施学校党委有关决议，行使高等教育法等规定的各项职权。学校设立党的基层纪律检查委员会（简称学校纪委），是学校的党内监督专责机关，履行监督执纪问责职责。学术委员会是学校最高学术机构，依据其章程统筹行使学术事务的决策、审议、评定和咨询等职权。位评定委员会是学校学位工作的决策、评议机构。教学指导委员会是学校教学工作的指导机构。学校实行教职工代表大会制度。教职工代表大会在学校党委领导下，依照有关规定参与学校的民主管理和职能监督，维护全体教职工的合法利益。 学校各民主党派及社会团体接受学校党委政治领导。各民主党派成员、无党派人士及各级人大代表、政协委员、政府参事等参与学校民主管理、民主监督，在本职岗位上为学校事业发展建言献策。中国教育工会安徽农业大学委员会（简称学校工会）是教职工自愿参加的群众组织，受学校党委和上级工会领导，按照《中国工会章程》和有关规定开展工作，履行职责。中国共产主义青年团安徽农业大学委员会（简称学校团委）在学校党委和上级团组织的领导下，按照《中国共产主义青年团章程》开展活动。安徽农业大学学生会和研究生会（简称学生会组织）是党领导下的主要学生组织，是学校联系广大同学的桥梁和纽带，在学校党委领导、学校团委和地方学联组织指导下，按照民主集中制的组织原则，依照国家法律法规、学校规章制度和本组织章程开展工作。

学校实行校院两级管理体制。学院在学校授权范围内进行自主管理，建立“党政联动，责任共担，民主决策，分工合作”的领导体制与工作机制，实行党政联席会议制度。

学院党委在学校党委的领导下履行相应的职责，负责人由学校根据有关规定进行选任。学院行政在学校行政的领导下履行相应的职责，设院长1人，副院长若干人，由学校根据有关规定进行任免，实行任期制，每届4年，连任一般不超过两届。学院设立学术委员会。学术委员会是学校学术委员会的分委员会，是学院学术事务的决策机构和其他事项的咨询机构，是教授治学和专家学者参与学院民主管理的重要组织形式。学院学术委员会接受学校学术委员会、学位评定委员会和教学指导委员会的指导与监督，依据其章程履行学科建设、学术评价、学位评定、教学指导、学风建设和专业技术职务评聘推荐等职能。学院设立二级教职工代表大会和工会，保障教职员工依法参与学院民主管理和民主监督。

学校实行岗位分类分级管理聘用制度。学校尊重和爱护人才，建立健全各类培训、进修制度。学校建立教职工考核评价和激励机制。学校依法建立教职工权利保障机制，维护教职工合法权益。教职工通过工会、教职工代表大会等组织依法参与学校管理。校学生代表大会和研究生代表大会是学生参与学校民主管理和民主监督的重要组织形式，按照各自章程行使职权、履行职责。学校设立校友会，依据其章程开展活动。学校支持校友成立具有届别、行业、地域特点的校友分会。

学校建立健全资产管理制度。学校实行“统一领导、集中管理”的财务管理制度。学校建立健全经济责任审计制度。学校建立和完善公共服务与后勤服务机制。

2016年12月19日，《安徽农业大学学术委员会章程》印发施行。

2017年7月1日，安徽农业大学校友会第二次会员代表大会暨理事会换届大会举行，大会审议通过了《安徽农业大学校友会章程（修改草案）》。

从1929年2月1日《安徽省立大学组织大纲》初步确立安徽大学的治理制度体系；到1954年10月23日通过的《安徽农学院组织与分工暂行条例》，从顶层设计上，为从安徽大学独立的安徽农学院的发展提供了制度保障；再到2016年4月14日《安徽农业大学章程》正式实施；从《组织大纲》到《条例》再到《章程》，标志着安徽农业大学治理制度体系日渐完善。